1905-1907 yılları arasında Şam'da Lütfi Müfit Bey (Özdeş) ile birlikte 5.Ordu emrinde görev yaptı. 1906 Ekim ayında Binbaşı Lütfi Bey, Dr. Mahmut Bey, Lüfti Müfit Bey ve askerî tabip Mustafa Bey (Cantekin) ile birlikte 'Vatan ve Hürriyet' adlı bir cemiyeti kurduktan sonra ordu'dan izinsiz Selânik'e gitti. Selânik Merkez Komutan Muavini Yüzbaşı Cemil Bey (Uybadın)'in yardımıyla karaya çıktı ve orda cemiyetinin şubesini açtı. Bir süre sonra arandığını öğrendi ve ona ağabeylik yapan Albay Hasan Bey, Yafa'ya dönüp oranın komutanı Ahmet Bey'e Mısır sınırında Bîrüssebi'ye gönderildiğini birdirmesini önerdi. Ahmet Bey de Mustafa Kemal Bey'i Bîrüssebi'ye tayin etti ve bir süre sonra topçu staj için tekrar Şam'a gönderildi.^[12] 20 Haziran 1907'de Kolağası (Kıdemli Yüzbaşı) oldu ve 13 Ekim 1907'de 3.Ordu'ya atandı.^[9] Ancak Selânik'e vardığında 'Vatan ve Hürriyet'in şubesinin İttihat ve Terakki Cemiyeti'ne ilhak edildiğini öğrendi. Bu yüzden kendisi de 1908 Şubat ayında İttihat ve Terakki Cemiyeti'ne üye oldu (Üye numarası: 322)^[13]. 22 Haziran 1908'de Rumeli Doğu Bölgesi Demiryolları Müfettişliğine atandı.