Merkezi denetimden uzak bulunan Kuva-yı Milliye örgütleri dağıtılarak düzenli bir ordu oluşturuldu. Milli Mücadele'nin en kanlı çatışmaları, düzenli orduya katılmayı kabul etmeyen Kuva-yı Milliye gruplarına karşı verildi. (Bak. Çerkez Ethem Bey).

Ulusal direnişin yayılması ve Sevr Antlaşması'nın direnişle karşılaşması üzerine İtilaf Devletleri, Yunan ordusunu Anadolu'nun içlerine sürdü.^{[kaynak belirtilmeli]} Yunan ordusu İsmet Bey kumandasındaki düzenli birliklerce I. İnönü (6-10 Ocak 1921) ve II. İnönü (23 Mart-1 Nisan 1921) Muharebelerinde geri çevrildi. Ancak Yunanlılarının Karahisar istikametinden büyük hücumunun yapılacağını tahmin edemeyerek Kütahya-Eskişehir (10-24 Temmuz) Muharebelerinde 4. Fırka Kumandanı Yarbay Mehmet Nâzım Bey'in şehit düşmesi gibi ağır şekilde mağlubiyete uğradı ve Sakarya nehrinin doğusuna çekilmek zorunda kaldı.

Kütahya-Eskişehir Muharebeleri sonrasında Büyük Millet Meclisi içinde iktidara yani Mustafa Kemal Paşa'ya karşı tepkiler artmaya başladı. Bu muhalefeti yöneltenler ordunun başına geçmesi için Mustafa Kemal Paşa'ya baskı yapmaya başladılar. Gerçek niyetleri ise O'nu Ankara'dan uzaklaştırmak ve Enver Paşa'nın iktidarını sağlamaktı.Mustafa Kemal Paşa,4 Ağustos 1921 günü Büyük Millet Meclisi'nde yaptığı konuşmayla başkumandan olmayı kabul ettiğini ancak başkumandanlığının faydalı olabilmesi için Meclis'in ordu ile ilgili yetkilerini üç ay süreyle kendisinde toplayacak bir kanun çıkartılması gerektiğini açıkladı.Paşa'nın başkumandanlığını isteyenlerin bu şekilde hayalleri suya düşürülmüş oldu.5 Ağustos 1921 günü oybirliği ile çıkartılan yasa ile Mustafa Kemal Paşa, TBMM Orduları Başkumandanlığı'na getirildi.^[20]

Mustafa Kemal Paşa,Başkumandanlığa geçmesinin hemen ardından yayınladığı Tekalif-i Milliye Emirleri ile halkı ordunun donatılması için seferberliğe çağırdı.12 Ağustos'ta Polatlı'da teftiş yaparken attan düştü ve kaburga kemiği kırıldı. 23 Ağustos-13 Eylül 1921 tarihlerinde yapılan Sakarya Meydan Muharebesi'nde Yunan Ordusu'nun hücum gücü tükendi. Bu zaferden sonra 19 Eylül 1921'de Büyük Millet Meclisi Başkumandan Mustafa Kemal Paşa'ya Müşir rütbesi ve Gazi unvanı verdi.

Sakarya Zaferi'nden bir yıl sonra, 26 Ağustos 1922 sabaha karşı saat 5:30'da Afyon'un güneyinden başlayan topçu ateşiyle Büyük Millet Meclisi Orduları,Yunan kuvvetlerine karşı Büyük Taarruz'u başlattı. Yunan Cephesi bu taarruz ile yarıldı ve Dumlupınar Ovası'na atılan düşman kuvvetleri 30 Ağustos 1922 günü Dumlupınar Meydan Muharebesi sonucunda imha edildi. Bu muharebede Başkumandan Gazi Mustafa Kemal Paşa ordunun başında bizzat savaşa katıldığı için Dumlupınar Meydan Muharebesi, Başkumandanlık Meydan Savaşı olarak da anılmaktadır. 9 Eylül 1922'de İzmir'in kurtuluşu ve Yunan Ordusu'nun imha edilmesiyle "Büyük Zafer" kazanılmış oldu.